El Programa de Maestría en Ciencias en Producción Agrícola Sustentable tiene una duración de cuatro semestres. El plan de estudios se integra con siete cursos obligatorios y tres cursos optativos a elegir entre 18 opciones contenidas en el Mapa Curricular. En cada Unidad de Aprendizaje (UA) se cuenta con una Coordinación y 2 ó más profesores(as) participantes. Las asignaturas se cursan de manera presencial y con sesiones grupales semanales.
Las unidades de aprendizaje obligatorias proporcionan al estudiante conocimientos fundamentales en torno a dos ámbitos generales:
Principios generales de la investigación científica (Metodología de la Investigación y Estadística).
Principios generales sobre agricultura sustentable, relacionados con distintos campos de conocimiento, y sobre la problemática agrícola de México desde una perspectiva integral (social, científico-tecnológica, económica, política y cultural).
Las unidades de aprendizaje obligatorias pretenden proporcionar al estudiante una formación para aproximarse de manera interdisciplinaria al fenómeno de la agricultura sustentable. La formación proporcionada por las unidades de aprendizaje obligatorias sirve de base para el posterior desarrollo fundamentado de proyectos de investigación, en una LGAC del Programa.
Las unidades de aprendizaje optativas cursadas normalmente en el segundo semestre son elegidas en acuerdo con el(la) director(a) de tesis, y tienen la función de fortalecer aspectos teóricos y metodológicos del problema de investigación, de tal manera que durante el tercer semestre los y las estudiantes puedan dedicarse de forma intensiva al trabajo de campo y/o de laboratorio.