La mejor forma de aprender a hacer ciencia es haciéndola, por lo tanto, se proponen tres líneas centrales de investigación e incidencia social, dadas las capacidades académicas, la infraestructura de las Unidades Académicas nodales y la vocación del programa para que el alumno se desenvuelva:
Estas tres LIES integran los aspectos fundamentales del programa, dado que este doctorado de conservación del patrimonio paisajístico enfoca la investigación sobre temas ambientales bajo los tópicos del principio de la sustentabilidad que se persigue para el desarrollo equilibrado y constante del país: sociedad, economía y medio natural.
En las LIES se identifican las áreas más problemáticas de México y que mayor atención precisan para resolver de manera interdisciplinaria los retos del país para lograr la sustentabilidad nacional en cuanto a desarrollo económico y protección al paisaje.
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